南京分会创始于1904年，重建于1911年，总会电准成立于1913年，是南京红十字运动创立阶段3个相互关联的重要时点。

南京分会因战争引起的人道救援问题而诞生，不论是在1904年日俄战争期间，还是辛亥革命、癸丑战役期间，都在难民、伤员、死难者的救济安置等方面发挥作用。

中华人民共和国成立后,南京市红十字会遵照会章,大力宣传红十字会的性质与任务,努力实践红十字会的宗旨;同时,积极协助政府动员和组织广大人民群众开展群众性的卫生救护活动,普及卫生救护常识,培训红十字卫生员,建立红十字卫生站。后因“文化大革命”,南京市红十字会被迫停顿工作12年。1978年恢复工作,1993年《中华人民共和国红十字会法》颁布实施后，南京红十字事业进入了持续、快速的发展时期,区、县红十字会及基层组织迅速恢复和建立。新修订的《中华人民共和国红十字会法》于2017年5月8日施行。会法规定，红十字会履行下列职责：

（一）开展救援、救灾的相关工作，建立红十字应急救援体系。在战争、武装冲突和自然灾害、事故灾难、公共卫生事件等突发事件中，对伤病人员和其他受害者提供紧急救援和人道救助；

（二）开展应急救护培训，普及应急救护、防灾避险和卫生健康知识，组织志愿者参与现场救护；

（三）参与、推动无偿献血、遗体和人体器官捐献工作，参与开展造血干细胞捐献的相关工作；

（四）组织开展红十字志愿服务、红十字青少年工作；

（五）参加国际人道主义救援工作；

（六）宣传国际红十字和红新月运动的基本原则和日内瓦公约及其附加议定书；

（七）依照国际红十字和红新月运动的基本原则，完成人民政府委托事宜；

（八）依照日内瓦公约及其附加议定书的有关规定开展工作；

（九）协助人民政府开展与其职责相关的其他人道主义服务活动。